Hieronder staat een compleet overzicht van alle orgelwerken in Jan Pieters repertoire.

Solowerken

J. Alain
– Choral Dorien
– Variations sur un thème de Clément Jannequin
– Le jardin suspendu

H. Andriessen
– Toccata
– Thema met variaties
– Sonata da Chiesa

J.S. Bach
– Triosonate no.1 in Es dur BWV 525
– Triosonate no.5 in G dur BWV 530
– Praeludium en fuga in e moll BWV 533
– Praeludium en fuga in d moll BWV 539
– Praeludium en fuga in G dur BWV 541
– Praeludium en fuga in c moll BWV 546
– Praeludium en fuga in e moll BWV 548
– Praeludium en fuga in c moll BWV 549
– Fuga in g klein BWV 578
– Passacaglia in c klein BWV 582
– Selectie uit Orgelbüchlein:
 In dulci jubilo BWV 608
 Das alte Jahr vergangen ist BWV 614
 In dir ist Freude BWV 615
 O Mensch, bewein dein Sünde gross BWV 622
 Ich ruf zu dir, Herr Jesu Christ BWV 639
Schübler Choräle
 Wachet auf, ruft uns die Stimme BWV 645
 Wo soll ich fliehen hin BWV 646
 Wer nur den lieben Gott lässt walten BWV 647
 Meine Seele erlebt den Herren BWV 648
Leipziger Choräle:
 Allein Gott in der Höh sei Ehr BWV 662
 Allein Gott in der Höh sei Ehr BWV 663
 Allein Gott in der Höh sei Ehr BWV 664
 Schmücke dich, o liebe Seele BWV 654
Orgelmis (Dritter Teil Clavierübung):
 Praeludium en Fuga in Es-dur BWV 552
 Allein Gott in der Höh sei Ehr BWV 676
 Dies sind die heilgen Zehn Gebot BWV 679
 Vater unser im Himmelreich BWV 682
 Aus tiefer Not schrei ich zu dir BWV 686

G. Böhm
– Praeludium in d moll
– Vater unser im Himmelreich

N. Bruhns
– Praeludium in e moll (grote)
– Praeludium in e moll (kleine)

D. Buxtehude
– Praeludium in C dur BWV 137
– Praeludium in D dur BWV 139
– Ciacona in c moll BuxWV 159
– Ciacona in e moll BuxWV 160
– Passacaglia in d moll BuxWV 161

M. Duruflé
– Choral Varié sur le Veni Creator Op.4

C. Franck
– Cantabile en B majeur
– Choral no.2 en b mineur
– Choral no.3 en a mineur

J.A. Guilain
– Suite du second ton

P.Hindemith
– Sonate I
– Sonate II

D. Manneke
– Kleines Orgelkonzert für Dornum

O. Messiaen
– La Nativité du Seigneur
 ’La vierge et l’enfant’
 ’Les bergers’
 ’Desseins éternels’
– L’Ascension
 Transport de joie

F. Mendelssohn-Bartholdy
– Praeludium en fuga in G dur Op.37
– Sonate 1 in f moll Op.65/1
– Sonate 2 in c moll Op.65/2

W.A. Mozart
– Andante in F dur KV 616

M. Reger
– Introduktion und Passacaglia in d moll, Stücke ohne Opus-Zahl
– Toccata en Fuga in d moll Op.59
– Choralfantasie ‘Hallelujah Gott zu loben! Bleibe meine Seelenfreud’ Op.52/3
– Melodia op.59
– Selectie uit 52 Choralvorspielen Op.67
 Straf mich nicht in deinem Zorn
 Jesu meine Zuversicht
 Wer weiss wie nahe mein Ende
– Fantasie en Fuga in d moll Op.135b

J.P. Sweelinck
– Fantasia Chromatica SwVV 258
– Echo Fantasia in a moll SwVV 275
– Ballo del Granduca SwVV 319
– Mein Junges Leben hat ein End SwWV 324

F. Tunder
– Choralfantasie ‘Herr Gott, dich loben wir’

L. Vierne
– Symphonie no.1 Op.14

C.M. Widor
– Symphonie no.9 ‘Gothique’ Op.70
– Symphonie no.10 ‘Romane’ Op.73

Basso continuo

J.S. Bach
– Mis in b moll (Hohe Messe) BWV 232
– Matthäus-Passion BWV 244
– Johannes-Passion BWV 245
– Weihnachtsoratorium BWV 248
 Jauchzet, frohlocket, auf preiset die Tage
 Und es waren Hirten in derselben Gegend
 Herrscher des Himmels, erhöre das Lallen

Orkestwerken

Mahler
– Symfonie nr. 2